これまでの「河川水辺の国勢調査」で確認された魚類の一部を紹介します。
表中の種名をクリックすると種の解説がご覧になれます。
| 目科名 | 種名 | ※指定状況 | |
| 環境省 （第4次） |
東京都 （2010区部） |
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| ウナギ目ウナギ科 | ウナギ | 絶滅危惧IB類 | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| ニシン目ニシン科 | サッパ | − | − |
| ニシン目コノシロ科 | コノシロ | − | − |
| ニシン目カタクチイワシ科 | カタクチイワシ | − | − |
| コイ目コイ科 | コイ | − | − |
| コイ目コイ科 | ゲンゴロウブナ | − | − |
| コイ目コイ科 | ギンブナ | − | − |
| コイ目コイ科 | キンブナ | 絶滅危惧Ⅱ類 | 絶滅危惧Ⅰ類 |
| コイ目コイ科 | タイリクバラタナゴ | − | − |
| コイ目コイ科 | ハクレン | − | − |
| コイ目コイ科 | ワタカ | − | − |
| コイ目コイ科 | ハス | − | − |
| コイ目コイ科 | オイカワ | − | − |
| コイ目コイ科 | カワムツ | − | − |
| コイ目コイ科 | ヌマムツ | − | − |
| コイ目コイ科 | アブラハヤ | − | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| コイ目コイ科 | マルタ | − | 留意種 |
| コイ目コイ科 | ウグイ | − | − |
| コイ目コイ科 | モツゴ | − | − |
| コイ目コイ科 | タモロコ | − | − |
| コイ目コイ科 | カマツカ | − | 準絶滅危惧 |
| コイ目コイ科 | ニゴイ | − | 準絶滅危惧 |
| コイ目コイ科 | スゴモロコ | − | − |
| コイ目ドジョウ科 | ドジョウ | 情報不足 | − |
| コイ目コイ科 | シマドジョウ | − | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| コイ目コイ科 | ギバチ | 絶滅危惧Ⅱ類 | 絶滅危惧Ⅰ類 |
| サケ目キュウリウオ科 | アユ | − | − |
| カダヤシ目カダヤシ科 | カダヤシ | − | − |
| ダツ目メダカ科 | メダカ類 | 絶滅危惧Ⅱ類 | 絶滅危惧Ⅰ類 |
| スズキ目スズキ科 | スズキ | − | − |
| スズキ目サンフィッシュ科 | ブルーギル | − | − |
| スズキ目ボラ科 | ボラ | − | − |
| スズキ目ボラ科 | セスジボラ | − | − |
| スズキ目ハゼ科 | トビハゼ | 準絶滅危惧 | 絶滅危惧IA類 |
| スズキ目ハゼ科 | ウキゴリ | − | − |
| スズキ目ハゼ科 | ビリンゴ | − | 準絶滅危惧 |
| スズキ目ハゼ科 | マハゼ | − | − |
| スズキ目ハゼ科 | アシシロハゼ | − | 留意種 |
| スズキ目ハゼ科 | アベハゼ | − | 準絶滅危惧 |
| スズキ目ハゼ科 | スジハゼ | − | 準絶滅危惧 |
| スズキ目ハゼ科 | トウヨシノボリ | − | − |
| スズキ目ハゼ科 | シモフリシマハゼ | − | − |
| スズキ目ハゼ科 | ヌマチチブ | − | 留意種 |
| スズキ目ハゼ科 | チチブ | − | 留意種 |
| スズキ目タイワンドジョウ科 | カムルチー | − | − |
