これまでの「河川水辺の国勢調査」で確認された両生類・爬虫類・哺乳類の一部を紹介します。
表中の種名をクリックすると種の解説がご覧になれます。
| 目科名 | 種名 | ※指定状況 | |
| 環境省 （第4次） |
東京都 （2010区部） |
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| カエル目ヒキガエル科 | アズマヒキガエル | − | 準絶滅危惧 |
| カエル目アマガエル科 | アマガエル | − | 絶滅危惧IB類 |
| カエル目アカガエル科 | ウシガエル | − | − |
| カメ目イシガメ科 | イシガメ | − | 絶滅危惧IA類 |
| カメ目ヌマガメ科 | ミシシッピアカミミガメ | − | − |
| カメ目スッポン科 | スッポン | − | 絶滅危惧Ⅰ類 |
| トカゲ目ヘビ科 | ヤマカガシ | − | 絶滅危惧IA類 |
| トカゲ目ヘビ科 | シマヘビ | − | 絶滅危惧IA類 |
| モグラ目モグラ科 | アズマモグラ | − | 留意種 |
| ネズミ目ネズミ科 | ハツカネズミ | − | − |
| ネズミ目ネズミ科 | ドブネズミ | − | − |
| ネコ目イタチ科 | イタチ | − | 準絶滅危惧 |
